Isu-isu strategis pengelolaan Balai Taman Nasional Kepulauan Togean dapat dideskripsikan sebagai berikut :

1)       Legalitas dan legitimasi kawasan Taman Nasional Kepulauan Togean

Dalam konteks tata ruang Pemerintah Daerah, baik Provinsi maupun Kabupaten menyatakan bahwa kawasan kepulauan Togean merupakan Taman Wisata Alam Laut (TWAL) yang tercantum dalam Peraturan Daerah Provinsi Sulawesi Tengah No. 08 Tahun 2013 tentang Rencana Tata Ruang Wilayah Provinsi Sulawesi Tengah Tahun 2013-2033 dan Peraturan Daerah KabupatenTojo Una-Una No. 08 Tahun 2012 tentang Rencana Tata Ruang Wilayah Kabupaten Tojo Una-Una Tahun 2011-2031 yang mengacu pada Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 26 tahun 2008 tentang Rencana Tata Ruang Wilayah Nasional. Namun berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 13 tahun 2017tentangPerubahan Atas Peraturan Pemerintah Nomor 26 Tahun 2008tentang Rencana Tata Ruang Wilayah Nasional pada Lampiran VIII disebutkan bahwa status kawasan Kepulauan Togean sudah menjadi Taman Nasional Laut Kepulauan Togean memperbaiki pada Peraturan Pemerintah sebelumnya. Hal ini selanjutnya dapat menjadi dasar dalam perbaikan Peraturan Daerah tentang Rencana Tata Ruang Provinsi/Kabupaten sehingga tidak ada lagi permasalahan terkait legalitas status kawasan Kepulauan Togean.

2)       Belum adanya pal batas kawasan TNKT

Adanya penolakan/klaim dari Pemerintah Daerah Kabupaten Tojo Una-Una yang lama (periode 2010 – 2015) membuat kegiatan tata batas kawasan belum bisa dilaksanakan, karena dalam kegiatan tata batas perlu dibentuk tim kerja, dimana harus ada pelibatan Bupati Tojo Una-Una dan beberapa instansi terkait sehingga sampai saat ini pal batas kawasan di lapangan belum ada, baik kawasan darat maupun perairan. Hal tersebut kemudian berimplikasi pada belum optimalnya penyusunan zonasi dan kegiatan teknis terkait penegakan hukum.Belum adanya pal batas ini juga berdampak pada belum mantapnya jalur pelayaran yang menjadi pedoman TNI AL dan Dinas Perhubungan.

3)       Belum memiliki dokumen zonasi dan RPTN yang sah

Balai Taman Nasional Kepulauan Togean telah menyusun draft RPTN danmelaksanakan konsultasi publik di Kabupaten Tojo Una-Una yang dibuktikan dengan Notulensi Hasil Rumusan Rapat Pembahasan Draft RPTN. Inti hasil rumusan tersebut adalah para peserta rapat menghimbau agar isi dokumen RPTN lebih dimatangkan melalui pembahasan draft dokumen dengan melibatkan para pihak, seperti Pemerintah Kecamatan, Pemerintah Desa dan perwakilan tokoh masyarakat di Kepulauan Togean sehingga perlu dilakukan pembahasan lanjutan. Untuk penyusunan dokumen zonasi, telah disusun draft/rancangan zonasi Taman Nasional Kepulauan Togean dan saat ini sedang dalam tahap konsultasi publik tingkat desa. Pada Tahun 2017 ini ditargetkan konsultasi publik hingga penilaian dokumen draft zonasi dapat sepenuhnya diselesaikan. Zonasi merupakan dokumen yang harus dimiliki oleh suatu taman nasional, mengingat dalam UU No. 5 tahun 1990, dijelaskan bahwa taman nasional merupakan kawasan pelestarian alam yang mempunyai ekosistem asli yang dikelola dengan sistem zonasi.

4)       Keterlibatan dan komunikasi dengan stakeholders (pemerintah daerah, masyarakat dan LSM) belum optimal

Dalam rangka mendukung efektivitas pengelolaan kawasan, terkait kegiatan perlindungan, pengawetan dan pemanfaatan maka perlu pelibatan dan kerjasama dengan stakeholders.Pelibatan tersebut dapat diwujudkan dalam bentuk koordinasi dalam rangka kegiatan pengamanan kawasan, pemberdayaan masyarakat, pemanfaatan potensi wisata alam Taman Nasional Kepulauan Togean.

5)       Roadmap penelitian untuk memenuhi kebutuhan pengelolaan kawasan TNKT

Dalam rangka memenuhi kebutuhan pengelolaan kawasan, terkait pengambilan kebijakan, maka dibutuhkan referensi data yang bersifat ilmiah sehingga Balai TNKT perlu menyusun roadmap penelitian untuk mendukung optimalisasi pengelolaan.

6)       Kebutuhan sarana dan prasarana untuk mendukung efektivitas pengelolaan

 Perlengkapan dan fasilitas perkantoran saat ini telah tersedia, seperti mobil, motor, speed, perahu, kamera, alat diving, kantor resort, kantor seksi dan lain sebagainya. Akan tetapi perlengkapan pendukung resort seperti genset belum tersedia serta belum adanya information centre di kawasan yang membuat wisatawan, baik nusantara maupun mancanegara tidak mengetahui informasi kawasan terkait Taman Nasional Kepulauan Togean dan potensinya sehingga peningkatan sarana dan prasarana juga menjadi salah satu isu prioritas dalam peningkatan efektivitas pengelolaan.

7)       Ancaman terhadap kelestarian terumbu karang

Keberadaan terumbu karang di Kepulauan Togean mendapat ancaman dari oknum nelayan yang melakukan aktivitas illegal fishingseperti pemboman dan pembiusan.Beberapa titik-titik terumbu karang yang menjadi rumah bagi ikan-ikan semakin lama kondisinya semakin mengkhawatirkan.Keinginan oknum nelayan tersebut untuk mendapatkan ikan secara instan tanpa memperhatikan keberlanjutan produksi ikan di masa mendatang tentunya membutuhkan penanganan yang serius oleh pihak Balai TNKT dan para pihak yang terkait.

Penurunan kondisi tutupan karang selain disebabkan oleh pemboman dan pembiusan ikan juga dikarenakan keberadaan predator alami berupa lipan laut (acanthaster planci) yang merusak dan mematikan terumbu karang.